在亨利看来，宗教信仰和科学探索之间并不存在矛盾，科学和宗教应当和谐地统一在一起。他认为，科学和宗教分属于两个不同的领域，各有其不同的研究对象，各以其不同的方式和途径实现着自己的价值，追寻着一个共同的目标，促进着人类文明社会的不断进步。科学研究追求的是“真”，人类日益增加的科学知识可以清洗人格化上帝的渣滓，使宗教不断摆脱愚昧、无知而达到更高的境界；宗教则可以净化人的心灵，使人们从自私欲望的镣铐中解放出来，在人的身上培养起“善”的品格。科学与宗教之间不应该发生冲突，历史上科学与宗教的冲突实际上是一种误会，它严重地阻碍了人类文明的进程。人类的更高文明是基督教义和科学研究两者的共同产物，亦即神学和科学高度发达的产物，无论是科学还是神学的落后都是人类社会的一种悲哀。在对古希腊和罗马的文明进行了深入的探讨后，他说：“古希腊和罗马的文明赢得了我们的称赞，它们在人类的历史上开辟了一个重要的时代。但是，它们缺乏进一步发展的两个基本要素，第一，更高级的、更神圣的基督教的普遍影响；第二，关于自然规律的科学知识，这些知识使得人们能在改善地球环境的过程中达到控制它的活动，利用它的能量的目的。由于没有这些进步的要素，罗马的进步不能超过有限的程度，最终成为野蛮征服者的牺牲品。”([1],p.102)
近代自然科学是在和神学宗教的斗争中诞生的，长期以来，科学和宗教之间的论战，从未停息过。达尔文(C.R.Darwin)“进化论”的问世，使两者之间的论战日见升级。在这场论争中，亨利毫无疑问是个调和论者。亨利为科学和宗教之间出现的这种互不相容的局面而感到痛心，觉得“以科学的阐述者为一方和以神学的阐述者为另一方的对抗已经造成了危害”。([1],p.108)亨利是最早赞同达尔文进化论的美国科学家之一，虽然他经常被告诫不应该支持作为宗教异端的这一理论，但他的态度却从未动摇。他在给植物学家格雷(Asa Gray)的信中说：“我经过反复思考，对进化论得出如下的结论：它是你们博物学家得到的最成功的假说。它实际上给了你最底一层的基础，即是你曾经依赖过的、真正的科学基础。”([3],p.150)1876年，亨利作为国家科学院院长，邀请赫胥黎(T.H.Huxley)来美国演讲进化论。赫胥黎的演讲在美国的影响极大，它改变了许多人对自身和宇宙的看法。与此同时，亨利又坚信进化论不会动摇基督教的根基。他不赞成“用一些思想去培养反对研究大自然现象的感情”，([1],p.108)耐心地安慰神学的阐述者们“不必担心科学研究将证明在物理学出现之前很久就已经创造出来的《圣经》的解释是错误的”，认为科学研究的成果“可以作为《圣经》已经揭示的东西的最好评注”。([1],p.108)
由此可见，探求宇宙的奥秘，论证上帝的存是亨利进行科学研究的强大动力，但相信科学有造福于人类的特殊功能也是他终身从事科学活动的重要原因。在亨利的时代，许多人把科学研究看成是高雅人的一种消遣，觉得只有技术才真正具有能动的社会作用。亨利却认为科学是对人类有用的知识，它有着比技术更巨大、更广泛的社会功能。亨利认为科学至少有三种明显的社会功能：(1)科学发现是技术进步的基础，它为人们提供了控制自然、改造自然的能力。“作为真正的科学能给人们以控制自然力的能力的说明，我们可以谈及储藏在我国和其他国家煤田里的能量的各种应用……或者，我们同样可以说明电的结果，在科学的控制下，电将不受时间和地点的限制，在几乎所有地方造福于人类。能产生如此结果的知识必须有作为其基础的东西，它毫无疑问地应当被称为科学。”([6],p.94)(2)科学研究能锻炼人的思维，提高人的智慧和整个人类的智能水平。“科学不只是满足人们的物质要求，它还有助于人们最高智力的发展。”([1],p.104)“它增强理解力，训练想像力，唤起并不断培养人们对追求的目标——真理——的热爱。”([1],p.105)(3)由于科学的不断发展使得社会的生产力不断提高，从而促进了人类社会的进步。“在现代世界上较文明的国家里，人类的这一状况——黑奴制度的废除应该归功于对自然运动规律的研究。运用这些规律，人类不仅从粗笨的劳动中解放出来，而且获得了对生产产品的能量的控制。”([1],p.103)
二
亨利的世界观从根本上说是属于宗教唯心主义，但在具体的科学研究活动中，他的唯物主义思想却随处可见，辩证的观点也表现得极为充分。亨利认为“科学不在于认识事实，而在于认识规律。它主要与变化有关，是运动的而不是静止的”。([2],p.46)他曾说：“我们和瞬时以前不是同一个人，我们决不能再像现在这个样子。我们呼出的每一口气带走我们身上死亡的部分；我们心脏的每一次跳动有助于通过摄取新物质来弥补损失。我们正在不断地消耗，不断地更新。”“严格地说，我不是在对不久前我正在向他们讲演的同样的听众在讲话，新的思想已经通过了每一个人的大脑。”([2],p.47)古希腊哲学家赫拉克里特(Hera-clitus)说过“我们不能两次走下同一条河流。”亨利的这段话可以说是赫拉克里特辩证思想的又一种表述形式。亨利指出，“变化也许不可觉察，但不会没有确定性。”这种确定性就是规律，它可以通过科学研究来获得。“在永不停息的宇宙中，任何时候各种变化都是永恒的吗？答案是变化具有规律。”“具有预言功能、在某些情况下能控制大自然运动的这些规律的知识构成最高的学问。”([2],p.47)他
