三年后，父亲亡故，孔融居家守丧。他此时好学勤读，博涉该览，渐为州里所重。东汉桓灵之际，党锢之祸迭起，宦官把持朝政，蔽塞言路，打击异己，在朝野大肆搜捕诛杀正直之士。当时山阳张俭为中常侍（宦官首领）侯览所怨，被迫四处亡命。张俭因与孔融之兄孔褒有旧，逃避到孔家，恰巧孔褒外出，只有十六岁的孔融在家。张俭见他年少，起初不信任他，孔融说：“兄长虽然在外，难道我就不能为你做些什么吗？”于是把张俭藏在了家中。不料事情泄露，孔融与其兄孔褒一同被捕入狱，兄弟二人争死，郡县疑不能决，只好呈请上司处理，结果上面下诏问了孔褒之罪，孔融反倒因而声名显扬了。当时平原的陶丘洪、陈留的边让都是一时俊秀，孔融与二人齐名，成了当时的大名士。
孔融虽然是“大圣之后”，又在时事动乱的年代成了名士，也曾自许大志，表示要济危靖难，匡扶汉室，但他却缺乏政治识见与匡济大才。在任北海相期间，他的主要政绩是在建立学校、表显儒术、荐举贤良、吊死问生等方面，至于说到用兵打仗，这位大名士可就出尽洋相了。他在北海曾多次被黄中起义军和哀绍的人马所围困，以至于“不能保障四境，弃郡而去”（《三国志·崔琰传》注引《九州春秋》）。一次他在都昌被黄巾军管亥部所困，多亏刘备派兵救援才解围而去。又一次在建安元年，袁绍之子袁谭率兵把孔融围在青州，一连数月，城内守兵只剩下百十来人，形势危在旦夕，而孔融却“凭几安坐，读书议论自若”（同前）。结果只落得“城坏众亡”，自己仅以身免，妻子儿女全都做了俘虏。一方面由于自视过高，议论不切实际，另一方面又因为所任非才，这样，在豪强纷争、群雄割据的东汉末年，孔融虽然“不肯碌碌如平居郡守”（同前），但终究是无所建树，充其量只能做个名士而已。
