国电子学会、中国计量测试学会和中国宇航学会的理事。1980年被选为中国科学院学部委员（现为院士）并兼技术科学部副主任，1985年被选为国际宇航科学院院士，1991年被选为国际宇航联合会副主席。1992年陈芳允提出地球环境观测小卫星星座的系统方案。1993年12月15日与姜岩讨论给江泽民关于纳米技术的报告。1997年4月7日至10日，陈芳允与杨嘉墀、王大珩、三位院士以“863”计划的名义发表了《我国月球探测技术发展的建议》。1999年陈芳允被授予“两弹一星”功勋奖章。2000年4月29日，84岁的陈芳允因运动神经元病中枢性呼吸衰竭去世。
　　陈芳允于1977年参加中国共产党，他认为毛主席的《实践论》和《矛盾论》是革命行动的指导，也是科技活动的指导。他说：“毛主席为人民服务的教导使我恪守终身。……为科学求真理，为技术进步，为建设祖国，都是为人民服务。”他长期不懈努力拼搏在科技战线上，也正是这一信念的体现。他坚信只要在共产党的领导下，坚持走社会主义道路，在不远的将来我国必可达到繁荣富强的境地，而我国的科学技术也将迅速发展而立于世界之林。
　　“人生路必曲，仍须立我志。竭诚为国兴，努力不为私。”“四十年京兆一技人，求新服务不爱名，一称专家已过誉，惭愧国人赶超心!”这是陈芳允写的两首诗，也是他的人格和精神很好的写照。

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