在他眼里，“大学是包容各种学问的机关”。所以他用人不分信仰、党派、学术见解，他主持下的北大因此能超越当时的军阀政权之外、各种社会势力之外。他有大胸襟、大气魄，是大手笔，前无古人，后尚无来者。如果把北大看作中国民主的摇篮，蔡先生则是中国民主的奠基者，他一生最为伟大的功绩正是给北大这一民主摇篮奠定了坚实的基础。这一点五四运动以来20世纪的编年史已经可以作出充分的证明。
他鼓励学术研究，提倡社团活动，其中新潮社、国民社等在五四运动中起过重要作用的学生社团都产生于1918年下半年，得到了他这位校长的支持。为培养学术自由精神和自治能力，他批准每月由北大的经费中拨出二千元来给傅斯年、罗家伦他们的新潮社办《新潮》杂志（当时北大每月的全部经费不过四万元），并由学校负责印刷发行。
在大学领导体制上他第一次实行民主办校、教授治校。设立评议会作为全校最高立法机构。评议员包括各科学长、主任教员、各科本预科教授各二人，由教授互选，任期一年，期满得再被选。组织各学科（系）教授会，规划各学科的教学工作。各教授会设主任一人，由教授互选，任期二年，并由各科教授主任组成全校统一的教务处，负责主持全校的教学工作。教务长由各教授会主任推选，任期一年。
蔡元培领导的北大不仅为现代中国大学教育树立了一个崭新的楷模，也促进了思想界、知识界的转变。在他的大力支持下，在陈独秀、胡适等的热情倡导下，青年学生掀起了追求民主、科学的浪潮，终于使北大成为五四新文化运动的中心。所以有人说蔡元培对北大的改造和陈独秀办《新青年》对五四运动具有同样重大的意义。傅斯年1943年说过一番话：“犹忆‘五四’以后有人说，北洋政府请蔡先生到他的首都去办学，无异猪八戒肚子中吞了一个孙悟空。‘五四’之后，南至广州，北至北平，显然露出一种新动向，……激动了青年的内心，没落了北洋的气焰，动荡了社会上死的寂静”。由蔡元培创造的思想自由、民主精神已经成为北大绵延不绝的传统。
