１９９３年１月，叶利钦与时任美国总统乔治·布什在莫斯科举行首脑会晤，并签署了第二阶段削减战略武器条约，承诺将美俄两国核武库削减三分之二。３月，叶利钦在议会剥夺多项总统权力之后，于２０日宣布在４月２５日举行全民公决之前实行特别治理。１０月４日，动用军队进攻议会，宣布解散议会。
１９９４年１２月，叶利钦命令俄军以武力平定车臣的叛乱。１９９６年９月，这次军事行动以俄罗斯从车臣撤出全部军队而告终。
１９９６年６月１６日，在总统选举第一轮投票中获得３４．８２％的选票，在７月４日的第二轮投票中获胜，再次当选为俄罗斯总统。１９９７年３月２８日，他第四次当选为独联体国家元首理事会主席。
上世纪９０年代后期，俄罗斯遭遇一系列经济危机，叶利钦多次进行内阁改组。１９９９年１２月３１日，叶利钦发表电视讲话，宣布辞去总统职务，并任命总理普京为代总统。
辞职后，著有《总统马拉松》一书，书中讲述了叶利钦同一些著名政治家的交往。
凡人生活
生活中的叶利钦善饮酒、抽烟，喜欢吃用猪肉、牛肉、狍子肉混合调馅做成的水饺。公务之余，常打排球、网球、钓鱼、听音乐。患有心脏病。
妻子奈娜早年毕业于斯维尔德洛夫斯克综合工科学校，１９５２年与叶利钦结婚。１９５７年至１９８６年任斯维尔德洛夫斯克上下水道工程设计院总工程师，后退休。她是位好客的女主人，喜欢烤制馅饼、腌制肥肉。只要有时间，全家喜欢聚在一起包饺子。
叶利钦有两个女儿，一个是建筑工程师，另一个是控制论工程师。他还有三个外孙、三个外孙女和两个曾外孙。
叶利钦２０００年４月５日领到退休证。根据规定，此后他每月可以领到相当总统月薪７５％的总统退休金，外加普通退休金；可以享受由国家提供的４名警卫、２辆汽车以及总统医疗服务；可获得一份相当于总统年薪的人寿保险，并拥有一栋别墅；出行时，还有权免费使用机场、火车站以及码头上的贵宾休息室。
２００７年的俄罗斯联邦预算里专门为叶利钦的生活拨款２８０万卢布（９.７９万美元）。
