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主持国家级科研项目有，教育部八五规划“先秦两汉时期东南沿海地区考古学文化研究”（1993-1996），教育部九五规划专项任务“福州城市考古研究”（1997-1999），国家社科基金十五规划“闽台土著民族关系与‘南岛语族’起源”（2001-2004），教育部十五规划“环中国海沉船与海洋考古研究”（2001-2004），教育部重点研究基地重大项目“台湾原住民研究”（2006-2010），国家社科基金重大项目“环中国海海洋文化遗产调查研究”（2010-2015）。
出版专著、编著：《中国东南土著民族历史与文化的考古学观察》，厦门大学出版社1999年版。
《闽越国都城考古研究》，吴春明、林果著，厦门大学出版社1998年版。2000年福建省第四届优秀社会科学成果三等奖。
《环中国海沉船》，江西高校出版社2003年。2005年福建省第六届优秀社会科学成果三等奖。
《透视中国东南——经济文化的整合研究》，陈支平等主编，执笔第二编《汉越合韵：东南文化的社会基础》，“十五国家重点图书”，厦门大学出版社2003年。2004年度“中国图书奖”、2005年福建省第六届优秀社会科学成果一等奖。
《海洋考古学》，科学出版社2007年版，2009年福建省第八届社会科学优秀成果三等奖。
《从百越土著到南岛海洋文化》，“北京大学震旦古代文明研究中心丛书第二十七”，文物出版社2012年出版。
《福建连江定海湾沉船考古》，赵嘉斌、吴春明主编，科学出版社2011年，2011年度中国文化遗产“十佳”图书，2013年福建省第十届社会科学优秀成果二等奖。
《林惠祥文集》三卷，蒋炳钊、吴春明主编，厦门大学出版社2011年。
《武夷山崖上聚落》，吴春明、佟珊主编，厦门大学出版社2012年。
《海洋遗产与考古》，吴春明主编，科学出版社2012年版。
《冶城历史与福州城市考古论文选》，吴春明、林果执行主编，海风出版社1999年。
《东南考古研究》第一辑，吴绵吉、吴春明主编，厦门大学出版社1996年。
《东南考古研究》第二辑，邓聪、吴春明主编，厦门大学出版社1999年。
《东南考古研究》第三辑，邓聪、吴春明主编，厦门大学出版社2003年。
《东南考古研究》第四辑，邓聪、吴春明主编，厦门大学出版社2010年。
《百越研究》第一辑，容小宁、吴春明主编，广西科技出版社2007年版；《百越研究》第二辑，陆勤毅、吴春明主编，北京师范大学出版集团2011年。
人民论坛网河南资讯频道7月14日讯 继厦门大学副教授谢灵写给校长的信被公开后，厦大再次成为舆论焦点。厦大博导吴春明被指猥亵诱奸女学生，而校方迅速作出回应，成立工作组展开调查，中止吴春明的研究生导师资格。高校为何频频出现这样的闹剧呢?希望调查结果能及早公布，还高校一片净土。
昨日，一则关于“厦门大学博导诱奸女学生”的博文在网上疯传，有媒体详细报道指出，当事老师是厦门大学人文学院历史系特聘教授、博士生导师吴春明。昨日10时36分，厦门大学通过官方微博发表声明称，学校接到举报材料后专门成立工作组展开调查，已中止吴春明的研究生导师资格，停止其招生和指导研究生。
【博文】
女生自曝遭教授诱奸
7月10日14：08分，网友“青春大篷车”一篇《对汀洋的声援———控诉厦门大学淫兽教师吴春明长期猥亵诱奸女学生(附床照)》(以下简称《声援》)的长微博出现在网络上，一时间转发率高达上千，到昨日阅读量达到75000多次。博文中提到，厦门大学人文学院历史系特聘教授、博士生导师，中国百越民族史研究会会长吴春明与女博士汀洋交恶已久，并指吴春明勾引女学生一说非空血来风。文中披露，吴春明以科研经费开房，常去的幽会地点是明发广场附近的酒店，随文附上了吴春明在酒店裸露上身的酣睡床照。
该篇博客的作者自称是受害者之一，此次声援是因为同系的“汀洋”早先揭露出此事。早在6月23日，“汀洋”就在微博上发布了《厦大考古女生尤其要注意保护自己》一文，当时虽未指名道姓，但一石激起千层浪。文中强调，考古女学生会到野外长期考古发掘，这时候切忌与男老师夜晚单独外出。
【当事人】
均不回应采访要求
“汀洋”的微博资料显示，注册时间为2010年6月12日，专业为厦门大学考古专业，生日为1980年10月10日。“汀洋”置顶了一条微博称：“如果因为干预揭露其黑暗、对抗其淫威，而被加上‘神经病’头衔，我愿意承担。”
“青春大篷车”注册微博时间是6月26日，到目前仅发15条微博，除了7月10日的“控诉”之外，其他均为转载的微博，其微博资料显示为厦门大学人文学院。
昨日中午，记者通过私信向两名博主留言，均未获得回复。
不过，昨日14时，“汀洋”更新微博说：“作为在厦门大学求学多年的学生，我对厦大是有深厚感情的。我及声援我的女学生们所针对的只是吴春明教授一人的淫兽行为，与厦门大学整体无关。看到一些网友将愤怒转向厦门大学及厦大的领导老师们，我们这些女学生都对此表示担忧，希望大家能跟我们一起抵御淫兽而不是我们深爱的厦大。”
此外，记者多次致电另一当事人吴春明，电话均被挂断。
【厦大历史系】
老师不愿意多谈
据了解，前天，厦大历史系教授委员会、系务会向全系教师发送了一封信函称，作为基层教学与科研单位，历史系系务会、教授委员会并无调查本系教师操守、行为之权，只能等待上级领导部门展开调查，做出结论。该信中厦大历史系提请学院党政、院教授委员会及学校相关领导部门，根据相关法规，对吴春明教授所涉事件开展调查，以给包括吴春明教授在内的历史系师生一个“说法”。
昨日上午，记者联系了厦门大学历史系主任、系教授委员会主任鲁西奇教授，鲁西奇对网上发表的帖子不太愿意多说。
记者又联系了厦大历史研究所所长王日根老师，他表示自己不是教授委员会成员，不是特别清楚情况。记者请他介绍几位委员会成员进行采访，他表示人在外面，不方便查找电话。
爱喝酒一喝就醉
“很震惊，不相信我们的老师是帖子中称的这种人。”一名与吴春明接触过三四年的厦门大学考古专业的学生告诉记者，吴春明对待学术很严谨，对待学生们是刀子嘴豆腐心。这位同学说，他跟吴春明去过广西、湖北、武夷山等地考古，一般都是10多个学生一起，男女分开住宿，即便是住在农家的大房子里，也是男女分房，很少有学生和老师独处的时候，他认为帖子没有说服力。
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