（六）内因、外因：线性因果关系的决定论在至病原因的分析上也表现出来。现代医学将致病外因与机体内患病器官、组织、细胞直接联系起来，并认为去除这些致病外因，患病器官、组织、细胞就会康复。在现代医学的病因学中，很少考虑到机体内部自身的原因。也正是系统论的出现才使人们看到这里面包含的错误，比如炎症问题，现代医学认为是外来致病菌造成细胞坏死，用抗生素消灭细菌后，疾病就会得到治疗。但临床实践中，我们往往发现，治疗效果不好。一个是治疗时间长，另一个是有时时间长也治不好。现代医学将这个问题归结为细菌耐药问题，这里当然有这个因素。但是，还有另外的因素。原来细菌进入机体后所造成的破坏引发了机体一系列炎性反应。在炎性反应中，组织细胞所释放的多种炎症介质又造成其他组织器官的破坏。这个反应过程在机体中以瀑布式级联反应进行。随时间进展，呈无限几何级数扩大趋势，这也就是前面所说的混沌状态，也就是说细菌进入人体后引发了人体内的一个炎症介质的混沌运动。正是这个问题造成了机体多器官损害，这是仅靠抗生素消灭细菌无法解决的，因为体内炎症介质的混沌运动与细菌是两个相对独立的事件，炎症介质的混沌运动不因为细菌因素的去除而自动终止。因此，就炎症而言，细菌是致病的外因，而炎症介质的混沌运动是内因，而且，细菌是早期原因，炎症介质是近期原因，现代医学忽视近期内因，只注意远期外因，这不能不说是决定论思想的后果。
（七）治疗目的：现代医学的主要治疗内容都属于调节机体内环境平衡，而这并不是治疗的目的，只是治疗的手段。治疗的目的是在维持内环境平衡的基础上，维持功能细胞的正常结构和正常功能状态，后者才是目的。维持功能细胞的生存和功能，在疾病治疗中肯定起一定作用，特别是在疾病急性危重期或临终抢救期更是这样。但是，从战略上，这种办法并不能使疾病得到根本的治病。因为多细胞生命体的功能细胞都是终极分化的细胞，自己不能再生，而且是寿命有限的，既使没有疾病损害到寿命时限也要死亡的。这样，使维持细胞结构和功能的治疗思想最终落空。现代医学只看到疾病的最表面现象和最后结果，还没有发现疾病的最深层原因和治病办法
