1988年一月蒋经国病逝，在继任总统李登辉执政初期，孙案获得平反。同年五月，中华民国国防部部长郑为元将军宣布孙立人出入自由，全台各地纷纷对孙立人将军表达敬意。1990年，孙立人辞世后，李登辉颁发国家褒扬令，表彰孙立人一生的功勋。
1998年应孙立人旧部与家属奔走要求，监察院对“孙案”重开调查。2001年1月8日，监察院通过决议，称孙案乃「被阴谋设局的假案」。领公款六十万台币充作孙案专门研究经费的中央研究院近代史研究所朱泫源教授，「进驻孙公馆翻遍了孙立人将军保存的所有文件，和国防部与总统府的所有机密档案文件，并未发现孙立人有任何不法行为」。民进党当局给孙立人「平反」，这是基于政治斗争的需要。事实上民进党处心积虑用张学良、孙立人这些几十年前的旧案来丑化国民党，这是历史研究为政党斗争服务的新鲜一例。
