在南卡罗来纳州被击败后，麦凯恩再也没有恢复最初的气势，虽然他后来仍赢得了密西根州和亚利桑那州的初选。不过，麦凯恩在维吉尼亚州的一次演讲中犯下了致命的错误；在演讲中麦凯恩批评了右派的福音教派名人如Pat Robertson和Jerry Falwell，这个错误最终使他失去了赢得密西根州初选所能带来的气势。麦凯恩接着在维吉尼亚州的初选中落败，并在隔周密集的初选日里连续输掉13个州里的9个州。麦凯恩的失败被认为是因为他的错误发言所导致，尤其是他之前曾错误指控布什有反天主教倾向。同时也是因为他错误的批评了右派宗教人士。麦凯恩还被批评曾经称呼那些俘虏他的越南人为“gooks”（对亚裔人士的贬称），最初麦凯恩坚持使用这一词是正确的[20]，在遭遇沉重批评后，麦凯恩才终于愿意对此道歉。由于道歉的迟缓，这起事件也激起了亚裔美国人的愤怒。麦凯恩之后仍赢得了几个州的初选（麻萨诸塞州、罗德岛州、康乃迪克州和佛蒙特州），但最后仍无法与布什相较量。

　　2004年总统选举

　　麦凯恩在2004年的美国总统选举里公开支持布什。自从2001年911袭击事件以来，他经常赞美布什在反恐战争中的领导能力。麦凯恩的老友和同僚、也是2004年民主党总统候选人的麻萨诸塞州参议员约翰·凯利据传还曾邀请麦凯恩担任他的竞选搭档。不过，麦凯恩在选战中一直站在布什阵营一边，但在快艇老兵事件中，他说对凯利的服役纪录的攻击是“不诚实而且可耻的。”

　　2008年总统选战

　　在2006年的期中选举后，麦凯恩组成了一支研究小组，考察2008年参选总统的可能性。2007年2月28日他宣布角逐2008年美国总统职位。

　　如果麦凯恩在2008年的选举中获胜，他将成为美国史上依据就任时间计算第二年长的总统，72岁的年纪超过了1980年以68岁高龄就任总统的隆纳·雷根。麦凯恩也否认了有关他的年龄和健康状况的疑虑（2000年罹患皮肤癌），在2005年时宣称他的健康状况“非常良好”。

　　麦凯恩在2008年的选举中占有的许多优势包括他是全国知名的政治人物、曾发起许多主要的游说案和竞选资金改革法案、并且带头揭发了阿布拉莫夫丑闻、服役记录（包括了曾经身为战俘的纪录）、在2000年总统选举中也曾大显锋头（赢得了共和党新罕布夏州初选）、广泛的募款管道和能力、2004年的总统选举里大力协助了布什总统、及对中间选民的巨大感召力。麦凯恩对民主党选民也有一定吸引力，例如有报道约翰·凯利曾邀请他担任2004年民主党的副总统候选人。在2007年1月进行的一次民调中，他的支持度仅落后赫拉蕊·克林顿一个百分点。在2006年的期中选举里，麦凯恩参与了共和党的346场竞选集会、募集超过50万元选举资金。他还捐出了其中的0万元给联邦、州、和地方共和党人士。

　　在2006年5月，麦凯恩发表了福音教派牧师Jerry Falwell所创立的自由大学（Liberty University）的开学演讲。在2000年选战中他批评Falwell是“狭隘的特工”，媒体对此进行大幅报道，麦凯恩宣称他永远不会收回这个指称。在大学开幕典礼上他也解释了参与2008年总统选举的可能性、以及他与Falwell之间的关系，称他们两人已经讨论过相同的价值观了。

　　不过，在2006年12月，麦凯恩推行了一项名为“停止在在线剥削我们孩子”的法案，将会规定上百万个商业网站和个人部落格必须申报他们所刊载的违法图片或影片，否则将会被处以0,000元的罚款。这个法案将会影响所有大量的社交网站，而且并没有明确定义审查的范围和程度。一般推测这样的法案将会激起许多在线网站用户的反弹，并且对麦凯恩的2008年选战有相当的负面影响。

　　获奖

　　* 在2005年9月28日，艾森豪协会（The Eisenhower Institute）颁给了麦凯恩艾森豪领导奖。这个奖是为了表扬那些在生涯中达成了德怀特·艾森豪的正直和领导能力成就的个人。

　　* 在2004年12月麦凯恩成为了爱尔兰三一大学（Trinity College）的所属的哲学学会（Philosophical Society）的荣誉会员。

　　* 在2006年12月5日美国的犹太国家安全事务研究所（Jewish Institute for National Security Affairs）颁给麦凯恩一枚亨利·杰克逊杰出服务奖。

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