1911年，武昌起义爆发，黎被革命党人强迫推举为湖北都督。1912年1月，中华民国临时政府在南京成立，黎被选为副总统兼领鄂督。2月，南北和议告成，与孙武、刘成禺、张伯烈等组织“民社”，任理事长，鼓动武昌和南京分裂；附和袁世凯定都北京；镇压“群英会”；为排除异己，将原8个师的军队改编为3个师。8月16日与袁世凯合谋，诱杀湖北军政府军务部副部长张振武和湖北将校团团长方维。
1913年袁世凯扑灭“二次革命”。10月6日袁世凯任中华民国正式大总统，黎为正式副总统兼鄂督。但袁对黎在鄂视为心腹之患。12月派段棋瑞到鄂，以“磋商要政”为词，迫黎赴京。被安置在瀛台，与之结为儿女姻亲以控制之。1915年袁世凯帝制自为，黎迁居东厂胡同，闭门谢客。12月15日，袁册封黎为武义亲王。黎坚辞不就。
1916年6月6日袁世凯死，黎出任大总统。而国务总理段棋瑞独断专行，演成“府院之争”。翌年6月，黎引长江巡阅使张勋入京斡旋，7月1日张勋复辟，黎被迫弃职。1922年再任大总统。次年初曹锟贿选，逼黎下野。6月黎辞职赴天津。
黎晚年致力于实业，曾任中兴煤矿董事长、黄陂商业银行总董事和南洋兄弟烟草公司等企业的董事。投资企业45个，其中银行17家，工厂12个、煤矿6家，总投资额达200万元。牛于武昌油坊岭等地购置大量田产。1920年，黎眷念故乡，捐资拆迁黎家河祖遗的一间半屋，修建黎氏宗桐。内设孝义小学堂，聘请塾师一人，塾师工资及学生学杂费用，都由黎负担。1928年6月3日黎因脑溢血病逝于天津。1935年11月24日国民政府于武昌为黎举行国葬典礼，遗体归葬于武昌卓刀泉。
