1541年秋，哥白尼唯一的弟子，德国维登堡大学年轻的数学教授雷提卡斯，把《天体运行论》的手稿，送往纽伦堡出版。由于雷提卡斯坚信哥白尼的学说，受到教会的迫害，不得不背井离乡逃避教会的追捕。临走之前他委托自己的朋友，牧师奥西安德尔代他出版哥白尼的著作。
然而就是这个牧师在《天体运行论》中，按自己的意愿写了一篇没有署名的怯懦的序言，这篇序言完全改变了作者的主张，他和书中的内容很不协调。说这本书中的学说只是为了计算星历表之便而采用的假设，不一定和实际情况相符。这也是在《天体运行论》出版后几十年时期内很少有人重视哥白尼理论的一个重要原因。哥白尼的学生雷提卡斯对此事感到十分愤概，他曾多次要求著作的出版人发行改正版，但这些要求都未能实现。
1543年5月24日，弥留之际的哥白尼终于见到刚刚出版的《天体运行论》，可惜当时的他已经因为脑溢血而双目失明，他只摸了摸书的封面，便与世长辞了。
由于哥白尼的学说触犯了基督教的教义，遭到了教会的反对，就连当时反对天主教的新教也根据《圣经》的记载，群起反对“日心说”。他的著作更是被列为禁书。但真理是封锁不住的，继哥白尼之后，开普勒、布鲁诺、伽利略和牛顿等科学家，又进一步丰富和发展了哥白尼的学说。这一光辉学说经过三个世纪的艰苦斗争，终于获得完全胜利并为社会所承认。1882年，罗马教皇也不得不承认哥白尼的学说是正确的。
哥白尼的历史地位
哥白尼的“日心说”沉重地打击了教会的宇宙观，这是唯物主义和唯心主义斗争的伟大胜利。因此使天文学从宗教神学的束缚下解放出来，自然科学从此获得了新生，这在近代科学的发展上具有划时代的意义。
哥白尼是欧洲文艺复兴时期的一位巨人。他用毕生的精力去研究天文学，为后世留下了宝贵的遗产。由于时代的局限，哥白尼只是把宇宙的中心从地球移到了太阳，并没有放弃宇宙中心论和宇宙有限论。在德国的开普勒总结出行星运动三定律、英国的牛顿发现万有引力定律以后，哥白尼的太阳中心说才更加的稳固。从后来的研究结果证明，宇宙空间是无限的，它没有边界，没有形状，因而也就没有中心。虽然哥白尼的观点并不完全正确，但是他的理论人类的宇宙观带来了巨大的变革。
恩格斯在《自然辩证法》中对哥白尼的《天体运行论》给于了高度的评价。他说：“自然科学借以宣布其独立并且好像是重演路德焚烧教谕的革命行动，便是哥白尼那本不朽著作的出版，他用这本书(虽然是胆怯地，而且可说是只在临终时)来向自然事物方面的教会权威挑战，从此自然科学便开始从神学中解放出来。”
