“达赖喇嘛”这个称号在西藏的最早缘起源于明万历六年（1578年），蒙古土默特部顺义王俺答汗迎请索南嘉措至青海传教，崇奉甚敬。索南嘉措给俺达汗赠送的称号是“法王梵天”，也是蒙古信奉黄教的开始。俺答汗赠索南嘉措以“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”称号，意为“遍知一切德智如海之金刚上师”，以示敬意。其中，“瓦齐尔达喇”是藏语，是“执金刚”的意思，是对密宗方面有最高成就的人物的尊称。

后格鲁派徒众以索南嘉措为三世达赖，上溯其师承，以根敦嘉措为二世，以宗喀巴之上首弟子根敦主为一世，这是仿效噶举派的活佛转世制度，建立达赖喇嘛活佛转世系统。代代相传，皆以嘉措（大海）为名。格鲁派教徒尊为观音菩萨化身。

索南嘉措时期，他本人还只是格鲁派的首领，在西藏并没有地位，给他“达赖”封号的也只是地方势力的首脑。但到了五世达赖时期，五世达赖阿旺罗桑嘉措于清顺治十年（1653年）被清庭封为“西天大自在佛所领天下释教普通瓦赤喇达喇达赖喇嘛”。顺治帝赐以满、汉、藏三体文字金册，满、蒙、汉、藏四体文字金印，文曰“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。五世达赖喇嘛取得了清庭的支持，逐步赶走一直控制西藏局势的蒙古势力，在三世达赖索南嘉措于哲蚌寺所建的居所“甘丹颇章”内，建立起西藏政教合一政权。此后，历代达赖喇嘛转世（就是上任），都必须由中央政府册封。

活佛转世制度：明万历六年（1578年），藏传佛教格鲁派首领索南嘉措去青海、内蒙古一带传教。索南嘉措是格鲁派创始人宗咯巴的第四世传人，宗咯巴的大弟子根敦珠巴是拉萨三大寺之首哲蚌寺的寺主，根敦珠巴圆寂后，根敦嘉措继任，根据宗咯巴的遗愿，格鲁派上层决定根敦嘉措圆寂后转世，于是年仅3岁的索南嘉措被迎请到哲蚌寺，成为格鲁派第一为转世的活佛。