一是被国民政府的特工人员投毒致死说，这是当时汉奸报纸上的说法。
还有一种，即患牙病并发败血症说，这是参与“吴佩孚工作”的日本高级间谍的说法。
对吴佩孚之死，北伐中打败了吴佩孚的蒋介石亲致唁电给北平什锦花园吴公馆：
先生托志春秋，精忠许国，比岁以还，处境弥艰，劲节弥厉，虽暴敌肆其诱胁，群奸竭其簧鼓，迄后屹立如山，不移不屈，大义炳耀，海宇崇钦。先生之身虽逝，而其坚贞之气，实足以作励兆民，流芳万古。
国民政府与最高国防委员会还分别决议，追赠吴佩孚为一级上将。陪都的报纸上，更誉吴为“中国军人的典范”。
当时驻重庆的中共元老董必武也对记者发表谈话说：
吴佩孚虽然也是一个军阀，但有两点却和其他的军阀截然不同，第一，他生平崇拜我国历史上伟大的人物是关、岳，他在失败时，也不出洋，不居租界自失。……他在失势时还能自践前言，这是许多人都称道他的事实。第二，吴氏做官数十年，统治过几省的地盘，带领过几十万大兵，他没有私蓄，也没置田产，有清廉名，比起当时的那些军阀腰缠千百万，总算难能可贵。
