他逝世后，青岛党组织及在青工作的战友为他举行了追悼会，党组织负责人宣读了他的临终遗嘱。嗣后，派人把他的灵柩送回北杏村安葬在村东南的枣行墓地。1959年，中共山东省委和山东省人民政府将王尽美遗骨迁到济南英雄山 (四里山) 烈士陵园。1971年，中共诸城县委在北杏村前的乔有山上修建了王尽美烈士纪念馆。他的故居被列为全省重点文物加以保护。
建国后毛泽东在青岛视察工作时，曾特意向山东党的负责同志讲起王尽美，说：“你们山东有个王尽美，是个好同志。”
1961年8月21日， 董必武去武汉途中，深情地怀念起王尽美，在列车上挥笔写了一首《忆王尽美同志》的诗：“四十年前会上逢，南湖舟泛语从容。济南名士知多少，君与恩铭不老松。”
