1920年，金善宝以优异成绩从南京高等师范农业专修科毕业。农学部主任邹秉文先生亲自为这个平时不爱多讲话，但很有心计、勤奋好学的山村学生联系了工作，介绍他到本校所属小学任农业教员。因已深深爱上了农业科学，他婉言谢绝了自己非常尊敬的老师的苦心，得到了老师的理解。不久，荣毅仁先生的父亲、“面粉大王”荣宗敬先生每年出资5000元资助南京高等师范农业专修科在南京市皇城筹建小麦试验场。邹先生闻讯立即又推荐金善宝去试验场当技术员。皇城小麦试验场虽然只有106亩地，一台美制五行播种机，设备简陋，一切农活都要靠人力和畜力，工作繁重，经费不多。但是，试验场的建立是我国小麦研究史上的一个里程碑。金善宝欣然接受了这个难得的机会，开始了科研生涯。
1921年南京高等师范改名为东南大学，农业专修科改为农学本科。东南大学在南京市江东门外大胜关设立了东南大学农事试验总场，皇城小麦试验场随后也入大胜关，金善宝改任总场技术员，一直工作到1927年。1926年金善宝回校补读一年学分，完成了大学农学本科学业。
6年间，金善宝在农事试验总场从事小麦、玉米和大豆科学研究，选育了“姜堰黄皮”、“武进无芒”等优良小麦品种，深受农民欢迎。1928年，金善宝到杭州劳农学院任教。1930年应考录取，出国留学，先于康奈尔大学农学院学习植物生理学、遗传学课程，一年后转入明尼苏达大学农学院学习细胞学、土壤微生物学等课程，同时参加作物育种工作。
中国的贫穷落后使金善宝等海外游子处处受人歧视。在一次学校举行的聚餐会上，一位美国学生公然蔑视地对金善宝说：“密斯特金，把这些剩饭拿去给中国人吃吧！中国人正饿着肚皮呢！”金善宝听后，感觉这是对中国人的污辱，民族的尊严、祖国的尊严使他对这位挑衅者无比愤怒，当即回敬道：“先生，遗憾得很，中国离这儿太远了，还是请先生拿到芝加哥公园里去吧！那里失业的人有的是，他们正需要这些。”金善宝不愿在受歧视的海外生活下去了，1932年初，他毅然离开美国，登上了返回祖国的航船。
回国后，金善宝先回到杭州劳农学院任副教授。半年后又应聘任南京中央大学农学院教授，一面从事教学，一面从事小麦育种研究工作。作物育种要掌握大量的品种资源和品种类型，这是创新品种的基础。为了广泛搜集我国各地的小麦品种材料，金善宝和他的助手们克服种种生活和工作条件的困难，从790多个县中搜集了大量品种，并选出了一批优良的地方小麦品种，推广生产发挥了增产作用。同时，为了改变我国小麦研究、教学和生产上文献资料缺乏的状况，金善宝根据中国小麦生产的现状，总结生产实践的经验，吸收古今中外小麦栽培的知识，于1934年撰写我国第一部小麦专论《实用小麦论》，连同早在1928年发表的《中国小麦分类之初步》和1943年又发表的《中国小麦区域》等，成为我国小麦研究、教学和生产的重要文献，至今仍有很大参考价值。
1937年卢沟桥事变，日本军国主义加紧对我国的侵略，华北已放不下一张安静的书桌。金善宝随中央大学西迁到重庆沙坪坝。他与杰出的林业化学家、中华人民共和国成立后的第一任林业部部长梁希教授同住一间不到九平方米的竹制简易平房，二人共同生活好几年，互相关心，互相支持，共同支持大中学生的进步活动，一道参加共产党领导的革命工作，结下了深厚的友谊。在新校址，各种条件都很困难，但是金善宝教授没有停止小麦研究工作，与助教蔡旭和学生对四川地方小麦品种搜集了大量资料。1939年还从3000多份国外引进的品种中，系统选育出适合长江中、下游栽培的“南大2419”和“矮粒多”两个优良品种。解放以后，这两个优良品种很快推广为我国南方冬麦区的主要品种，“南大2419”推广面积最大年份曾达7000多万亩，20世纪80年代种植面积仍达百万亩以上，为我国小麦生产做出了杰出贡献。
金善宝教授在极其困难的情况下，顽强的坚持教学和科研工作，深受同事和学生的爱戴。同时，他一刻也没有忘记全国人民的抗日战争，他仰慕共产党、八路军奋勇抗日，多次到八路军重庆办事处捐款捐物。他对办事处的同志说：“我的心在延安，在八路军将士身上。”1940年前后，他曾两次到八路军驻重庆办事处找林柏渠同志要求去延安，林伯渠同志为他做好了一切安排，由于突发意外事件未能成行。后来，得知延安正开展大生产运动，他认为这正是他从事的农业科学研究为延安做贡献的时候。他立即将多年搜集的小麦品种，又经过整理、鉴定选出最好的品种，包装好送到《新华日报》社，请转交延安。半个月后，邓颖超同志告诉金善宝：“延安收到了你送去的种子，同志们感谢您。”
1946年3月，金善宝随中央大学迁回南京，继任教授。1948年解放战争期间，大江南北形势动乱，台湾台中农学院聘他去任教，他断然拒绝，而应荣毅仁先生之聘赴无锡江南大学农学院任农艺系教授兼主任。
1949年4月南京解放，7月他应邀来北京出席周总理主持召开的自然科学工作者座谈会。会后，国务院组织与会的40多位代表前往东北三省参观。正当在哈尔滨参观时，《人民日报》发表公报，国务院任命金善宝教授为南京大学农学院院长。1950年11月，国务院又任命他兼华东军政委员会农林部副部长。1952年，国务院又任命他兼南京市副市长。
金善宝受到党和政府的信赖，社会工作重任在身，工作十分繁忙，但他坚持小麦科研工作，从未放松。我国是世界小麦起源的中心之一，种植小麦的历史已有四五千年，而且种植面积之广，可以说无处不有，小麦生产在农业生产和人民生活中具有极其重要的
