登辉于同年底任命吴伯雄为“总统府秘书长”。1996年6月，吴伯雄又出任国民党中央秘书长。2000年出任国民党副主席，2005年8月国民党党主席直选，马英九当选，请任吴伯雄为第一副主席。2007年2月，马英九在因“特别费”一案被起诉后向国民党中央委员会提出辞职，吴伯雄出任国民党代理主席。
　　在2007年4月7日举行的中国国民党主席补选中，原国民党副主席吴伯雄当选为中国国民党新任主席。得票率近87% 。在其担任国民党主席期间，国民党获得了台湾地区民意代表选举和领导人选举的重大胜利。
　　2008年5月26日下午，吴伯雄的专机抵达南京机场，开始他的大陆之行。并于27日拜谒中山陵，题词“天下为公，人民最大”！

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