元

元都大都（今北京），汴渠也因北宋末年战乱及黄河“夺淮入海”而失效，故大运河中段改南北取直，东移山东；海运兴通，漕运进入新阶段（见元代海运）。

元初漕运大致循唐宋大运河旧道入大都，但因旧运河失修，只能采取水陆联运形式。至元十八年（1218）修凿济州河，引汶、泗水经济州（今山东济宁）西北至须城（今山东东平）安山，南来运舟由徐州经济州河入大清河，至利津（属今山东）入海，海运至直沽，再水陆联运至大都。二十六和二十八年会通河（须城安山至临清）与通惠河（通州至大都）凿成，元代大运河全线沟通。此外，至元十八年凿成纵贯胶州湾与莱州湾的胶莱河，又形成一支海河联运路线：运舟从江苏淮安顺黄河（黄河“夺淮入海”前的淮河故道）东下出海口，沿海北上入胶莱河，再经海道至直沽。

内河漕政的管理于至元十九年始趋完善，江淮都漕司负责江南至瓜州（在今江苏六合）段，京畿都漕运司接收前司漕粮，负责中滦（今河南封丘南，黄河北岸）至大都粮运。二司各于其关键地设行司、分司，以求上下衔接，年运粮三十万石。元代纲运划为两大组进行：短运（军般、短般），其中又分两段：南段由吕城（属今江苏丹阳）驻军运至瓜州，北段由汉军与新附军由瓜州运至淮安；长运，募民船承运，从瓜州起运至淮安，由淮安分司开闸放船入淮，再由中滦、济州分司派员分领纲船。官府另于运河北段地域掌握一批官船，大致是负责各所在地屯田粮的运输。

海运的最高管理机构是中书省，其“左司”下辖“粮房六科”中的“海运科”为具体办事机构，主要则由分处南北的两大组织系统承办。南方的“承运”系统最终定名为海道都漕运万户府（治平江，今江苏苏州）；北方的“接运”系统为“都漕运使司”（驻直沽河西务）与“京畿都漕运使司”（驻大都），前者主要负责接纳海道粮，兼及其他各路南来物资，后者将南来粮物运入大都各仓。南北两大系统各拥有布局合理的粮仓。